08月28 真核轉錄組主流程任務投遞說明
一、登錄百邁客云平臺
下載谷歌瀏覽器，輸入網址https://international.biocloud.net/zh/user/login?，進入百邁客云平臺登錄界面，輸入賬號密碼登錄。賬號為手機號或者是郵箱，初始密碼為123.bmk.
二、選擇合適的分析平臺
百邁客云包含農學和醫學兩大類分析平臺，醫學分析平臺主要針對人、鼠數據的分析，包含：轉錄組、非編碼RNA、單基因病外顯子、腫瘤外顯子、重測序等數據分析，以及全轉錄組聯合分析；農學分析平臺可以應用到更多的物種，涵蓋轉錄組、非編碼RNA、微生物、蛋白、代謝等數據的分析，以及全轉錄組聯合分析等。點擊左側導航分析->農學或者醫學打開分析平臺列表頁面，點擊選擇您想要使用的分析平臺，打開其詳細介紹頁面，該頁面可以看到該平臺的應用領域“平臺介紹“技術背景“案例“課堂“版本記錄，點擊打開軟件即可進入到參數頁面。
三、創建項目名稱
為了方便數據、任務和報告的管理，我們將同屬于一個項目的內容會放到一個項目中，因此進行基本分析時需要先選擇一個項目，如果沒有項目也可以點擊+新建先創建一個項目，見下圖。
四、數據導入
針對FASTQ測序數據，選擇文件夾批量導入，雙端測序數據必須分別以_1.fq和_2.fq結尾，系統便會自動對數據進行配對，而且多個目錄中的文件可以分多次導入進來一起進行分析。（在本公司進行測序的數據會自動推送到您的賬戶下，數據所在文件夾名稱為合同編號）
導入數據之后，可以根據自己的需要修改樣品ID，由于此處設置的ID會體現在分析報告和分析結果中，因此請慎重考慮后再設置，分析完成后不可再次修改。如果平臺上還沒有您自己的數據，請參考數據上傳先將您的數據傳到云平臺上。
四、基本參數設置
一般在這里選擇生信流程版本、設置報告名稱等基本參數，如果對于參數設置沒有特殊要求，推薦使用默認參數。
五、選擇參考基因組（有參）
對于依賴參考基因組序列進行分析的平臺，一定要選擇和分析數據對應的參考物種及組裝版本，不同版本的參考基因組的詳細信息可以點擊基因組版本詳情進行查看。（一個項目只能使用一個版本的參考基因組進行分析）
六、基因功能注釋（無參）
- 組裝方式：
轉錄組組裝方式決定了后續Unigenes庫的構建和表達定量的策略以及分析結果的可靠性.根據實際情況選擇轉錄組組裝方式。分開組裝是對每個樣品數據單 獨組裝；合并組裝是將所有樣品放在一起組裝；分組組裝適合于不同品種（或者是變異種）的組裝，將相同品種的樣品合并組裝，然后將每組的組裝結果 進行合并去冗余。合并組裝獲得的Unigene庫更完整、冗余度更低,因此Trinity官方亦推薦使用合并組裝，以便進行后續的表達定量和差異表達分析.
- 注釋物種
為了提高注釋分析的效率(縮短比對比對時間)以及獲得有效的注釋信息,在選擇注釋物種時,應盡量選擇包含物種最確切的數據庫.（如果分析物種為真菌類，一定要選擇真菌選項，否則會影響組裝效果）
七、差異分組設置
根據實驗方案設計以及樣品信息，進行分組的設置，流程據此進行差異比較分析，此處只支持兩組間比較，可添加多個差異分組。FDR值一般推薦選擇0.01，差異倍數閾值一般推薦選擇（此處的參數和差異分組在后期報告個性化中可再次進行修改）
八、生成標準分析報告
參數設置完成之后，可以點擊保存參數，方便之后進行重新分析或者基于本次參數進行修改后再次分析；一切準備就緒后，點擊提交將任務提交到百邁客云計算集群上，根據不同分析平臺、不同數據量等待大概2小時到3周的時間完成項目分析，獲取到標準分析報告。
報告查看，點擊項目（管理）?->?我的項目打開項目列表，找到之前提交任務時選擇的項目，點擊項目名稱打開該項目，即可看到新生成的分析報告記錄，點擊報告名稱查看詳細報告。
點擊報告右上角的項目結果下載，可以選擇下載HTML報告、PDF報告和結果數據（尾款結清后）。HTML報告只包括分析報告的html文件及一個src文件夾，展示了部分結果；PDF報告是根據HTML報告轉換而來，方便您進行報告打印；結果數據包含了項目中所有結果文件，一般比較大，會通過FTP進行下載，請耐心等待下載。
